Deleci sudbinu naroda, manastir je posle sloma Karadjordjevog ustanka, porušen i spaljen do temelja. U turskoj odmazdi stradali su i manastir i manastirske celije koje su se nalazile u okolnim brdima, a manastirska riznica je opljackana. Iguman Jeremija Petrovic je prešao na sremeku stranu, ali se neposredno po izbijanju II srpskog ustanka vratio u manastir.
Obnova manastira je verovatno pocela po oslobodjenju od Turaka, ali je tekla sporo, sudeci po zapisu koji je o manastiru u Grabovcu ostavio 1826. godine Joakim Vujic u svojim "Putešestvijima". Tada je u ovoj crkvi "sve po nacinu blagocastive crkve, samo nije dovršeno". Hram je posvecen "Preneseniju moššej Svjatogo oca Nikolaja koji se obelezava 9-og maja". Iguman manastira je Jeremija Petrovic, a na crkvi manastirskoj je "jedno trullo i na njemu veliki krst". Od nekada velikog manastirskog imanja u to vreme manastir ima "neku zemlju" od koje svome spahiji Turcinu placa svake godine glavnicu po 12 groša, daje desetak od ostvarenih prihoda i po jedan par carapa. Narednih godina su crkva, manastir i konak dovršeni u potpunosti a u manastirskoj porti je otvorena prva osnovna škola koju je vodio ucitelj Sreten Veselinovic. Konak je, prema sacuvanom zapisu, obnovljen 1858/59. godine a osnovna škola je preseljena u prostorije konaka. Istovremeno je poceo pritisak naroda na Ministarstvo prosvete da se manastir ukine i novi konak u potpunosti koristi za potrebe škole. Iako je postojala osnovana sumnja da je u osnovi ove "narodne molbe" teznja seljaka da razbiju monolitnost manastira i pretvore ga u parohijsku crkvu ne bi li lakše došli do manastirske zemlje, njihovom zahtevu je udovoljeno: godine 1865. Manastir sv. oca Nikolaja je postao parohijska crkva posvecena svetom Nikoli.
Sve do 1890. godine bila je to crkva napravljena od drveta, a tada je pocela gradnja nove crkve na temeljima stare manastirske crkve porušene 1813. godine. Po projektu Dragutina S. Milutinovica, tada priznatog arhitekte pri Ministarstvu gradjevine, crkvu je sazidao Cvetko Mitrovic, gradjevinar iz Uba, inace rodom iz sela Papradišta u Makedoniji, o cemu je ostavio uklesan zapis na kapitelu desnog stuba zapadnog portala crkve. Gradjena kao jednobrodna gradjevina u stilu raške škole, sa jednom polukruznom apsidom na istocnom delu, velikim kubetom iznad naosa i manjom pripratom u zapadnom delu, crkva Sv. Nikole je bila spolja fasadno ukrašena naizmenicno poredjanim horizontalno malterisanim trakama oker i crvene boje. Po završetku radova, osvecenje hrama obavio je beogradski mitropolit Mihajlo (Jovanovic).
Status manastira biva vracen 1928. godine (ali ne i imanje u granicama pre ukidanja) i od tada pa do 1970. godine Manastir sv. oca Nikolaja u Grabovcu je muški. Odlukom crkvenih vlasti od te godine preimenovan je u zenski manastir što je i danas. Novi konak podignut je od 1975. do 1980. kada je stavljen pod krov.
Temelje je na pocetku gradnje osvetio episkop šabacko-valjevski Jovan (Velimirovic). Konak je podignut na temeljima starog ko-naka, mukotrpnim radom duhovnika manastira Damaskina i se-stara Anastasije i Haritine.
U susret 100-godišnjici od izgradnje, godine 1988. pocinje obnova hrama i oslikavanje unutrašnjih zidova, do tada okrecenih u zuto belu boju. Zidovi su oslikani freskama sa scenama poznatih ciklusa iz manastira Žica, Studenica, Ravanica i Sveta Gora. Freskopisanije je radjeno po kanonu vizantijskog slikarstva, nacinom kojim su oslikani svi pravoslavni hramovi. Primenjena je "sekotehnika" koja podrazumeva slikanje na suvoj podlozi, kazeinom i pigmentima, posle cega freska ne podleze uticaju bilo kakvih spoljnih faktora osim mehanickih. Blagoslov za oslikavanje je dao episkop šabacko-valjevski Jovan, unuk vladike Nikolaja Velimirovica, cija je freska te 1988. godine prvi put oslikana u srpskim manastirima upravo ovde u manastiru u Grabovcu. Uz pomoc duhovnika i sestara manastira u pripremnoj fazi, oslikavanje su uradili akademski slikari: mr Goran Desancic iz Obrenovca, Lazar Lecic iz ?uruga i Saša Savic iz Beograda. Po završetku freskopisanija, freske je osvetio episkop šabacko-valjevski Lavrentije.
Usledilo je uredjenje hrama sa spoljne strane. Na hramu i zvoniku obnovljena je fasada, uredjeni su pristupni putevi. Na manastirsku crkvu je postavljen krst visok cetiri, a na zvonik krst visok dva metra. Krstovi su od nerdjajuceg celika. Krovna ko-nstrukcija oblozena je bakarnim plocama. Obnova manastira u potpunosti je završena do obelezavanja dvostrukog jubileja: 100 godina od gradnje i sedam vekova od osnivanja manastira. Episkop šabacko-valjevski Lavrentije je tada rekao: "Puno mi je srce kad vidim kakoje ova svešinja procvetala. Retko se koja kao ona moze pohvaliti ovakvim jubilejom u našoj eparhiji. Mozda samo još Tronoša koju je podigla supruga kralja Dragutina".
Neposredno uz manastir, godine 2003. nad izvorom za koga se pretpostavlja da je isti onaj na kome se izlecio kralj Dragutin, podignuta je krstionica posvecena Živonosnom Istocniku (izvoru). Freskopisanije krstionice povereno je Goranu Desancicu i Lazaru Lecicu.